Pour signer un message avec mu4e, il suffit, lors de la composition du message, de faire appel à la fonction (mml-secure-message-sign-pgpmime). On peut créer un hook qui signera automatiquement tous les messages pour certains contextes.

Le code est inspiré de la discussion sur ce google groups, il faut le rajouter dans la partie :config de (use-package mu4e).

  (defun sign-message-in-specified-context()
    "Sign messages in a specified context."
    (let* ((ctx (mu4e-context-current))
           (name (if ctx (mu4e-context-name ctx))))
      (when name
        (cond
         ((member name '("CONTEXT1" "CONTEXT2"))
          (mml-secure-message-sign-pgpmime))
         ))))
  (add-hook 'message-send-hook 'sign-message-in-specified-context)

Les contextes sont ceux définis via (make-mu4e-context):

;; ...
(make-mu4e-context
          :name "CONTEXT1"
          :vars '(
;; ...